为防止有机产品中混杂普通产品或者以非有机产品假冒有机产品，《办法》建立了有机码制度，采取"一品一码"的方式，对有机产品认证标志使用进行规范。认证机构在向获证企业发放认证标志或者允许生产企业在产品标签上印制有机产品认证标志前，必须按照国家认监委统一的编号规则，赋予每枚认证标志一个唯一编码。
国家认监委对有机产品认证活动组织实施监督检查和不定期的专项监督检查。获得有机认证产品的认证委托人提供虚假信息、违规使用禁用物质、超范围使用有机认证标志，或者出现产品质量重大事故的，认证机构5年内不得受理该企业及生产基地、加工场所的有机产品认证委托。
凡是伪造、变造、冒用、非法买卖、转让、涂改认证证书的，由地方认证监管部门责令改正，处3万元罚款。
凡是未获得有机产品认证，及获证产品在认证证书表明的生产、加工所外进行再次加工、分装、分割的，都不得在产品、产品最小销售包装及标签上标注含"有机"等字样，否则被罚3万元。
认证机构应当及时向认证委托人出具有机产品销售证，以保证获证产品的认证委托人所销售的有机产品类别、范围和数量与认证证书中的记载一致。销售证有效保证了产品的可追溯性，对获证组织的产量数量进行有效的控制，防止非有机产品与有机产品混淆。