锡林郭勒盟有着悠久的畜牧业历史，且畜牧业种质资源丰富。现全盟畜禽遗传资源有27个品种，其中引进品种14个、培育品种4个、地方品种9个，为我盟畜禽改良可持续发展提供了宝贵资源。其中地方品种乌珠穆沁羊、苏尼特羊、蒙古牛、蒙古马、阿巴嘎黑马等5个品种已列入国家畜禽遗传资源保护名录。2021年东乌珠穆沁旗乌珠穆沁羊原种场、苏尼特右旗苏尼特羊良种场及西乌珠穆沁旗蒙古马保种基地（巴彦胡舒苏木、乌兰哈拉嘎苏木、白音花镇）被列入国家级畜禽遗传资源保种场（区）。同时东乌珠穆沁旗蒙古马保种场和苏尼特左旗蒙古牛保种场被自治区列入第一批自治区级种质资源保护单位。
全区现有11家国家核心育种场，其中我盟两家，即：乌拉盖管理区奥科斯牧业有限公司和苏尼特右旗苏尼特羊良种场。